அப்போது முதலமைச்சராக இருந்த எடப்பாடி பழனிசாமியிடமே பொதுப்பணித்துறையும் இருந்தது. அவரது ஒப்புதலின் பேரில் நடைபெற்ற கட்டிட பணிகளில்தான் முறைகேடு நடந்திருப்பதாக தற்போது புதிய ஊழல் குற்றச்சாட்டு எழுந்துள்ளது. தேசிய மருத்துவ ஆணையம் நாடு முழுவதும் மருத்துவ கல்லூரிகளை கட்டுவதற்கு சில விதிமுறைகளை வகுத்துள்ளது. இந்த விதிகளின்படியே கட்டுமான பணிகளை மேற்கொள்ள வேண்டும். ஆனால் அந்த விதிகளுக்கு மாறாக எடப்பாடி பழனிசாமி வசம் இருந்த பொதுப்பணித்துறை அதிகாரிகள் மற்றும் என்ஜினீயர்கள் கட்டுமான பணிக்கு ஒப்பந்தம் வழங்கி இருப்பதாக புகார் கூறப்பட்டுள்ளது.
இதற்கு துறை அமைச்சர் என்ற பெயரிலும், முதலமைச்சர் என்ற வகையிலும் எடப்பாடி பழனிசாமி ஒப்புதல் அளித்திருப்பதாகவும் இது முறைகேடான நடவடிக்கை என்றும் குற்றச்சாட்டுகள் எழுந்தன. இதையடுத்து மாநில லஞ்ச ஒழிப்பு போலீசார் இது தொடர்பாக விசாரணை நடத்த தமிழக அரசிடம் அனுமதி கோரி இருந்தனர். அதனை ஆய்வு செய்த தமிழக அரசு எடப்பாடி பழனிசாமி மீதான ஊழல் குற்றச்சாட்டு தொடர்பாக உரிய விசாரணை நடத்த உத்தரவிட்டுள்ளது. இதைத் தொடர்ந்து லஞ்ச ஒழிப்பு போலீசார் எடப்பாடி பழனிசாமிக்கு எதிரான குற்றச்சாட்டுகள் தொடர்பாக முதல் கட்ட விசாரணையை விரைவில் தொடங்க உள்ளனர். இதன் பிறகு வழக்கு உள்ளிட்ட அடுத்த கட்ட நடவடிக்கை பாயும் என்று தெரிகிறது.